由上海交通大學承辦的2006年上海市學生體育大聯賽大學組籃球三對三比賽（南區）于2006年11月11日上午九點在上海交通大學閔行校區開賽。
男子組分四個小組單循環賽，每組前兩名復賽產生八強后進行淘汰賽。其中男子A組為華東理工大學與東海學院；男子B組電機江川、上海師范大學和歐華；男子C組華東師范大學、電子和應用；男子D組復旦大學、上海交通大學和電機華寧。女子組五個學校（交大、華師大、華東理工大學、應用和上海師范大學）只進行單循環賽。
最終，交大女子籃球隊在單循環中全勝獲得冠軍，交大男子籃球隊在決賽中以11:3戰勝上海師范大學隊獲得冠軍。兩隊取得參加2006年上海市學生體育大聯賽大學組籃球三對三比賽總決賽資格。
南區復賽前三名
男 子 組
第一名：上海交通大學
第二名：上海師范大學
第三名：復旦大學（醫學院）
女 子 組
第一名：上海交通大學
第二名：華東理工大學
第三名：上海應用技術學院
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